Изобретение относится к области клинической лабораторной диагностики и представляет собой способ определения бактериального эндотоксина (БЭ) в плазме крови и моче, отличающийся тем, что предварительная подготовка образцов плазмы крови включает разбавление образцов плазмы крови физиологическим раствором в 10-100 раз и их термическую обработку при 45-85°С в течение 30-60 мин, а предварительная подготовка образцов мочи включает экстракцию мочи при помощи хлористого метилена или 1,2-дихлорэтана; после чего реакцию образцов с ЛАЛ-реактивом проводят в следующей последовательности: в стерильные пробирки наливают 100 мкл обработанных образцов, содержащих БЭ, и туда же добавляют 100 мкл ЛАЛ-реактива, пробирки термостатируют в течение 1 часа при 37°С, для прекращения реакции в каждую пробирку добавляют по 50 мкл 50%-ной уксусной кислоты, далее проводят спектрофотометрическое определение концентрации БЭ в образцах, включающее измерение концентрации БЭ по показателю оптической плотности образца после ЛАЛ-теста на длине волны λ=388 нм. Изобретение обеспечивает снижение числа ложноположительных результатов и увеличение чувствительности при определении БЭ. 2 табл., 6 пр.